Günter Kern hat seinen Job in der Verwaltung zunächst von der Pike auf gelernt. Nach einer Verwaltungslehre bei der Verbandsgemeinde Loreley durchlief er seine Ausbildung für den gehobenen Verwaltungsdienst an der Verwaltungsfachhochschule in Mayen, erwarb darüber hinaus das Verwaltungsdiplom bei der Verwaltungs- und Wirtschaftsakademie in Koblenz. 1979 wurde er Ordnungsamtsleiter der VG Loreley.
Das SPD-Mitglied Kern leitete dann von 1991 bis 2003 als Bürgermeister die VG Loreley. Am 6. Juli 2003 wurde er zum Landrat des Rhein-Lahn-Kreises gewählt. Dieses Amt übte er von September 2003 bis Januar 2014 aus. Im Februar 2014 wurde er zum Staatssekretär im Ministerium des Innern, für Sport und Infrastruktur berufen.