Für den deutschen Abschnitt des Rheins, der sich von Basel bis nach Emmerich an der niederländischen Grenze erstreckt, sind zwei Wasserstraßen- und Schifffahrtsämter (WSA) zuständig:
WSA Rhein: Kilometer 493,5 bis 865,515; Standorte Bingen, Köln und Duisburg
WSA Oberrhein: Kilometer 170,0 bis 493,5; Standorte Freiburg und Mannheim
Deutschlandweit existieren insgesamt 17 Wasserstraßen- und Schifffahrtsämter.