Als Bürgerwissenschaftsprojekt verfolgt Flow zwei Ziele: Zum einen sollen deutschlandweit Fließgewässer erforscht werden.
Die erhobenen Werte sollen anschließend regionalen und lokalen Maßnahmen zum Gewässerschutz als Grundlage dienen. Zum anderen zielt das Forschungsprojekt darauf ab, Wissen über Fließgewässer in die Bevölkerung zu tragen.