Stefan Diefenbach wurde 1964 in Lahnstein geboren und legte 1983 das Abitur am Johannesgymnasium ab. Noch im selben Jahr begann er das Noviziat bei den Arnsteiner Patres im Kloster Arnstein. Von 1984 bis 1993 war er als Mitglied der Arnsteiner Patres Theologiestudent in Münster (Westfalen) und machte seinen Abschluss als Diplom-Theologe. Seine Diplomarbeit im Fach Kirchengeschichte verfasste er über das Schicksal von Pater Alfons Spix sscc. 1993/94 absolvierte er eine Weiterbildung im Bereich Jugendpastoral am Jugendpastoral-Institut in Benediktbeuern. Von 1995 bis 2004 war er Leiter der Jugendbegegnungsstätte auf Kloster Arnstein.
2004/2005 war er City-Pastoral in der neu gegründeten Niederlassung der Arnsteiner Patres am Jesuitenplatz in Koblenz. 2005 trat er aus der Ordensgemeinschaft der Arnsteiner Patres aus. Anschließend wurde er Geschäftsführer des Weltladens im Frankfurter Stadtteil Bornheim (Fairer Handel).